Permasalahan berikutnya terletak pada basis pemungutannya yang mengacu pada omzet, bukan pada laba bersih. Konsekuensinya, pajak tetap dikenakan meskipun pelapak tidak memperoleh keuntungan atau bahkan mengalami kerugian. Dalam praktiknya, pelaku usaha digital juga sudah lebih dahulu menghadapi berbagai potongan dari platform, seperti biaya layanan, kewajiban diskon, dan komisi iklan. Di Tokopedia, misalnya, biaya layanan untuk sejumlah kategori produk dapat mencapai 10 persen. Jika seorang pelapak memiliki omzet Rp500 juta per bulan, maka sebesar Rp50 juta harus dialokasikan hanya untuk biaya layanan, belum termasuk potongan pajak. Situasi ini menciptakan beban ganda yang nyata. Pelapak yang tidak mampu mengikuti algoritma promosi akan terpinggirkan, sementara di saat bersamaan tetap diwajibkan menyetor pajak meskipun margin keuntungannya sangat tipis. Jika penjual offline kerap menghadapi pungutan liar dari oknum di lapangan, maka pelaku usaha digital hari ini justru dikenai pungutan resmi oleh negara. Bedanya, yang satu melanggar hukum, sementara yang lain diatur oleh hukum.Pengenaan pajak berbasis omzet tanpa mempertimbangkan margin keuntungan maupun kapasitas administrasi pelapak kecil berisiko menciptakan ketimpangan struktural antara pelaku usaha besar dan UMKM. Skema seperti ini bisa memukul pelaku kecil yang justru menjadi penggerak utama ekonomi digital dari bawah. Pemerintah perlu meninjau ulang mekanisme dan parameter pemungutan PPh e-commerce agar lebih adil dan proporsional. Tanpa koreksi yang tepat, kebijakan ini tidak hanya mencederai semangat konstitusi, tetapi juga merusak ekosistem niaga digital yang sedang bertumbuh pesat.
Di sisi lain, kompleksitas sistem perpajakan ini juga dikhawatirkan mendorong pelapak kecil untuk kembali ke jalur informal demi menghindari beban administratif yang membingungkan. Hal ini tentu bertolak belakang dengan upaya pemerintah dalam memperluas basis pajak dan mendorong digitalisasi UMKM. Alih-alih menaikkan kepatuhan pajak, sistem yang rumit justru bisa memperlebar jarak antara pelaku usaha kecil dan akses terhadap fasilitas formal. Jika pemerintah ingin menciptakan ekosistem niaga digital yang inklusif, maka kebijakan perpajakan semestinya tidak hanya berorientasi pada penerimaan negara, tetapi juga memperhatikan kapasitas adaptasi pada pelaku usaha kecil.