Dalam halnya batas waktu proses penyelesaian perkara pengujian juga memiliki perbedaan yang mencolok antara Mahkamah Agung dan Mahkamah Konstitusi. Mahkamah Agung berkewajiban memproses permohonan pengujian peraturan perundang-undangan paling lama 14 (empat belas) hari kerja sejak permohonan diterima. Akan tetapi hukum acaranya tidak membatasi waktu penyelesaian permohonan sampai keluarnya putusan. Penentuan batas waktu menjadi penting karena putusan pada suatu aturan yang dianggap bertentangan dengan peraturan diatasnya membutuhkan kepastian hukum. Tidak jelasnya kepastian penyelesaian permohonan pengujian di Mahkamah Agung dapat mempengaruhi tingkat kepercayaan masyarakat kepada lembaga peradilan. Selain perlu membangun dan mengembangkan sistem acara pengujian peraturan perundang-undangan yang terbuka, Mahkamah Agung juga perlu memberikan kepastian waktu penyelesaian permohonan. Selain itu, terkait biaya perkara dalam pelaksanaan pengujian di Mahkamah Agung dan Mahkamah Konstitusi juga memiliki perbedaan. Di Mahkamah Konstitusi sendiri tidak memungut biaya satu rupiah pun, dibebankan kepada anggaran Mahkamah Konstitusi. Di Mahkamah Agung, Permohonan pengujian peraturan perundang-undangan dibebani biaya, sebesar Rp. 1.000.000,- (satu juta rupiah). Pokok permasalahan yang diajukan permohonan ke Mahkamah Agung adalah peraturan perundang-undangan dan terkait dengan kebijakan pemerintah yang dibuat oleh penyelenggara negara, sehingga menjadi tidak relevan membebankan biaya perkara. Sebenarnya menjadi pertanyaan serius bagi pemerintah termasuk Mahkamah Agung sebagai lembaga yang berwenang menyelenggarakan Hak Uji Materiil, apakah relevan membebankan biaya hak uji materiil kepada penguji, dimana yang diuji merupakan peraturan yang diatur dalam peraturan perundang-undangan, yang bahkan sifatnya mengikat kepada masyarakat? Sederhananya, bagaimana mungkin masyarakat harus membayar kepada negara untuk menguji cacat atau tidaknya peraturan yang dikeluarkan oleh institusi baik di tingkat kementerian, lembaga, maupun pemerintah daerah?Adanya beban biaya juga tidak sejalan dengan prinsip penyelenggaraan pengujian peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang oleh Mahkamah Agung. Peraturan Mahkamah Agung menyatakan, bahwa Majelis Hakim Agung memeriksa dan memutus permohonan pengujian peraturan perundang-undangan dengan menerapkan ketentuan hukum yang berlaku bagi perkara permohonan dalam waktu yang sesingkat-singkatnya, sesuai dengan asas peradilan yang sederhana, cepat dan biaya ringan. Dari penjelasan diatas, masih banyak problematika dari Pengujian Perundang - undangan di Mahkamah Agung. Padahal, pengujian peraturan perundang - undangan di bawah undang - undang terhadap undang - undang adalah mekanisme untuk menjamin keadilan dan kepastian hukum kepada masyarakat. Sehingga setiap produk hukum yang ada di bawah undang - undang dijalankan dengan asas - asas pemerintahan yang baik serta mengurangi penyalahgunaan pemerintah. Kekuasaan kehakiman yang independen diharapkan mampu menjalankan kontrol terhadap kualitas peraturan perundang-undangan di bawah undang-undangan yang merupakan produk legislatif maupun eksekutif. Namun, jaminan independensi lembaga ini mutlak perlu ditindaklanjuti dengan proses pengujian peraturan perundang-undangan yang transparan dan akuntabel. Berbagai undang-undang yang mengatur mengenai kewenangan Mahkamah Agung untuk menguji peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang tidak banyak mengatur tentang hukum acara pemeriksaan permohonan pengujian peraturan perundang-undangan di bawah undang undang. Undang-undang mendelegasikan pengaturan hukum acara dalam bentuk Peraturan Mahkamah Agung. Saat ini, hukum acara pengujian peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang diatur dalam Perma Nomor 1 Tahun 2011 tentang Hak Uji Materiil. Perma tersebut tidak mengatur tentang proses pemeriksaan permohonan pengujian peraturan perundang-undangan secara terbuka dan melibatkan para pihak. Perlu reformasi menyeluruh terhadap kewenangan Mahkamah Agung dalam menyelenggarakan Hak Uji Materiil. Kementerian Koordinator Bidang Hukum, Hak Asasi Manusia, Imigrasi, dan Pemasyarakatan, Mahkamah Agung, Bappenas, dan lembaga terkait perlu mengkaji lebih lanjut revisi Perma tersebut, sehingga bisa mengefektifkan pelaksanaan kewenangan pengujian peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang sebagai bentuk kontrol kekuasaan legislatif dan eksekutif dalam membentuk regulasi.
Opini di atas merupakan pandangan pribadi Nicholas Martua Siagian berdasarkan kajian akademik, tinjauan di lapangan, serta pengalaman, bukan mewakili institusi negara manapun.